Τα όργανα διοίκησης της ΕΣΕΕ, σύμφωνα με το καταστατικό της, αποτελούνται από:
τη Γενική Συνέλευση, η οποία απαρτίζεται από εκλεγμένους αντιπροσώπους των Ομοσπονδιών Εμπορικών Συλλόγων,
το Διοικητικό Συμβούλιο, το οποίο είναι 25μελές και εκλέγεται από την Γενική Συνέλευση,
το Προεδρείο, το οποίο αποτελείται από 8 μέλη με επικεφαλής τον Πρόεδρο της Συνομοσπονδίας.
ΓΕΩΡΓΙΟΣ ΚΑΡΑΝΙΚΑΣ ΓΕΝΙΚΟΣ ΓΡΑΜΜΑΤΕΑΣ
ΝΙΚΟΛΑΟΣ ΚΟΓΙΟΥΜΤΣΗΣ ΟΙΚΟΝΟΜΙΚΟΣ ΕΠΟΠΤΗΣ
ΝΙΚΟΛΑΟΣ ΜΠΟΝΗΣ Α΄ ΑΝΤΙΠΡΟΕΔΡΟΣ
ΚΩΝΣΤΑΝΤΙΝΟΣ ΜΟΥΖΑΚΙΤΗΣ Β΄ ΑΝΤΙΠΡΟΕΔΡΟΣ
ΓΕΩΡΓΙΟΣ ΡΩΡΟΣ Γ΄ ΑΝΤΙΠΡΟΕΔΡΟΣ
ΧΡΗΣΤΟΣ ΜΠΛΟΥΓΟΥΡΑΣ ΑΝΑΠΛ. ΓΕΝΙΚΟΣ ΓΡΑΜΜΑΤΕΑΣ
ΝΙΚΟΛΑΟΣ ΒΟΥΡΛΑΚΗΣ ΑΝΑΠΛ. ΟΙΚΟΝΟΜΙΚΟΣ ΕΠΟΠΤΗΣ
ΕΥΑΓΓΕΛΙΑ ΑΠΟΣΤΟΛΑΚΗ ΜΕΛΟΣ
ΣΠΥΡΟΣ ΓΕΡΟΝΤΙΤΗΣ ΜΕΛΟΣ
ΠΑΝΑΓΙΩΤΗΣ ΓΕΩΡΓΑΝΕΣ ΜΕΛΟΣ
ΧΡΗΣΤΟΣ ΗΛΙΑΔΗΣ ΜΕΛΟΣ
ΘΕΟΔΩΡΟΣ ΚΟΝΤΟΓΕΩΡΓΙΟΥ ΜΕΛΟΣ
ΝΙΚΟΛΑΟΣ ΜΑΝΕΣΙΩΤΗΣ ΜΕΛΟΣ
ΙΩΑΝΝΗΣ ΜΑΡΓΑΡΩΝΗΣ ΜΕΛΟΣ
ΕΥΣΤΑΘΙΟΣ ΝΟΥΒΕΛΟΓΛΟΥ ΜΕΛΟΣ
ΚΩΝΣΤΑΝΤΙΝΟΣ ΠΑΣΙΟΠΟΥΛΟΣ ΜΕΛΟΣ
ΗΛΙΑΣ ΠΑΥΛΙΔΗΣ ΜΕΛΟΣ
ΠΑΥΛΟΣ ΠΟΛΙΤΑΚΗΣ ΜΕΛΟΣ
ΔΗΜΗΤΡΙΟΣ ΣΑΜΑΡΑΣ ΜΕΛΟΣ
ΑΘΑΝΑΣΑΙΟΣ ΤΣΑΓΓΑΡΗΣ ΜΕΛΟΣ
ΓΕΩΡΓΙΟΣ ΤΣΙΑΠΛΕΣ ΜΕΛΟΣ
ΠΑΝΤΕΛΗΣ ΦΙΛΙΠΠΙΔΗΣ ΜΕΛΟΣ
ΚΩΝΣΤΑΝΤΙΝΟΣ ΧΑΤΖΗΜΙΧΑΗΛ ΜΕΛΟΣ
ΕΜΜΑΝΟΥΗΛ ΨΑΡΟΥΔΑΚΗΣ ΜΕΛΟΣ
ΔΗΜΗΤΡΙΟΣ ΟΙΚΟΝΟΜΟΥ ΜΕΛΟΣ
ΑΝΤΩΝΙΟΣ ΣΚΟΥΛΙΔΗΣ ΜΕΛΟΣ
ΓΕΩΡΓΙΟΣ ΤΟΠΟΛΙΑΝΑΚΗΣ ΜΕΛΟΣ
ΠΑΝΑΓΙΩΤΗΣ ΑΓΝΙΑΔΗΣ ΜΕΛΟΣ
ΟΡΓΑΝΟΓΡΑΜΜΑ
